当隧道式灭菌箱关闭主闸门时，打开风扇并调整风量，打开自动加热按钮，并调整所需温度的上限和下限。当达到恒温时，起动变速箱电机，同时调整变速箱转速。用不锈钢或铝板将材料装载在链条或网带上。根据工艺要求，温度和输送速度可任意调节，以满足干燥和灭菌的要求。
隧道式灭菌烘箱工作时，干湿物料通过带式输送机或斗式提升机送入料斗，然后通过料斗的喂料器，通过喂料管进入喂料端。进料管的倾斜度应大于物料的自然倾斜度，以便物料能够顺利流入干燥器。
干燥器筒体为略微倾斜于水平线的旋转筒体。材料从高端添加，热载体从低端进入并逆流接触材料。也有一些情况下，热载体和材料一起流入气缸。
因为气缸的材料在重力作用下移动到下端。当湿料在圆筒内向前移动时，由热载体直接或间接加热使湿料干燥，然后通过卸料端的带式输送机或螺旋输送机送出。
圆筒内壁装有阅读板，主要用于拾取和分散物料，从而增加物料与气流的接触面，从而提高干燥速度，促进物料的前进。热载体一般分为热空气、烟气等。
热载体通过干燥器后，通常需要一个旋风分离器来捕获气体中的物质。如需进一步降低尾气含尘量，应通过袋式除尘器或湿式除尘器后排放。
